Conformément à l'article 21 du décret n° 2015-690 du 18 juin 2015, les dispositions de l'article R3417-4 entrent en vigueur à la date d'installation du conseil d'administration dans sa composition prévue à l'article 4 dudit décret.
L'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique est administré par un conseil d'administration, assisté d'un comité d'investissement et d'un comité d'audit, et dirigé par un directeur.