Conformément à l'article 2 du décret n° 2016-806 du 16 juin 2016, les membres mentionnés au 3° de l'article D. 1413-54 actuellement en exercice poursuivent leur activité jusqu'au renouvellement du comité des centres nationaux de référence. Ces membres sont renouvelés dans les huit mois qui suivent la publication de l'arrêté mentionné à l'article D. 1413-49. Les représentants du ministère chargé de la santé ainsi que les représentants de l'Agence nationale de santé publique sont désignés par leur directeur général.

Le comité des centres nationaux de référence est composé au plus de vingt membres. Il comprend : 1° Des représentants du ministère chargé de la santé ; 2° Des représentants de l'Agence nationale de santé publique ; 3° Des experts en épidémiologie, microbiologie, infectiologie ou santé publique nommés en raison de leurs compétences, après appel à candidature par le directeur général de l'Agence nationale de santé publique pour cinq ans.