La Commission permanente est chargée, en particulier de préparer :

-le projet de programme de travail de l'instance ; -les projets d'avis soumis pour adoption en assemblée plénière ; -les éléments soumis aux démarches participatives ; -le projet de règlement intérieur mentionné à l'article D. 1411-40.

Outre son président, qui est celui de la Conférence nationale de santé, la commission permanente comprend un nombre de membres assurant l'équilibre de la représentation des cinq collèges mentionnés à l'article D. 1411-37. Le Président du groupe de travail permanent spécialisé dans le domaine des droits des usagers du système de santé, prévu dans l'article D. 1411-43, participe à ses travaux.