Le conseil d'administration de l'office comprend quarante-trois membres répartis en cinq collèges composés comme suit : 1° Premier collège : a) Huit représentants de l'Etat :

-deux représentants des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture dont le commissaire du Gouvernement ; -un représentant du ministre chargé de la mer ; -un représentant du ministre chargé du budget ; -un représentant du ministre chargé de l'intérieur ; -un représentant du ministre chargé de la recherche ; -un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ; -l'administrateur supérieur des terres australes et antarctiques françaises ;

b) Cinq représentants d'établissements publics nationaux œuvrant dans le champ des compétences de l'établissement ; c) Trois personnalités qualifiées en raison de leur compétence dans le domaine de la protection de la biodiversité terrestre, marine ou de la ressource en eau et des milieux aquatiques ; 2° Deuxième collège : a) Trois représentants d'organisations professionnelles agricoles et forestières ; b) Deux représentants des autres secteurs économiques concernés ; c) Trois représentants d'associations agréées de protection de l'environnement ; d) Deux représentants d'organismes gérant des espaces naturels ; e) Quatre représentants des instances cynégétiques et des instances de la pêche de loisir ; 3° Troisième collège : a) Deux représentants des comités de bassin ; b) Trois représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements, dont au moins un représentant d'une collectivité d'outre-mer ; 4° Quatrième collège : Quatre représentants titulaires et quatre représentants suppléants, élus du personnel de l'établissement ; 5° Cinquième collège : Quatre parlementaires ainsi que leurs suppléants, mentionnés à l'article L. 131-10. A l'exception des parlementaires et des représentants du personnel, les membres du conseil d'administration sont nommés, dans le respect des règles fixées aux dixième et onzième alinéas de l'article L. 131-10, par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture et, en ce qui concerne les représentants de l'Etat mentionnés au a du 1°, sur proposition du ministre dont ils relèvent. Un arrêté des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture fixe les modalités d'élection, de suppléance et de remplacement des représentants du personnel.