Les dépenses de l'Agence comprennent : 1° Les frais d'intervention liés à la gestion du fonds de continuité territoriale et les frais de gestion afférents ; 2° Les frais des actions complémentaires qui lui sont confiées par des collectivités territoriales ou des partenaires publics et privés et les frais de gestion afférents ; 3° Les frais de personnel ; 4° Les frais de fonctionnement ; 5° Les dépenses d'acquisition et d'entretien de biens mobiliers et immobiliers ; 6° De façon générale, toutes les dépenses nécessaires à l'accomplissement de ses missions. Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget précise la définition de ces différents frais.