La procédure de contrôle budgétaire applicable à l'entente interrégionale est mise en oeuvre par le représentant de l'Etat dans la région où est fixé son siège.

La chambre régionale des comptes, compétente à l'égard de l'entente interrégionale, est celle qui est compétente à l'égard de la région dans laquelle elle a son siège.