Les fonds de l'établissement sont déposés et placés dans les conditions prévues à l'article 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des fonds peuvent néanmoins être déposés dans des établissements bancaires ou à la Caisse des dépôts et consignations pour un usage strictement lié à un transit technique ou aux placements des libéralités reçues par l'établissement et des fonds des fondations universitaires.