Conformément aux dispositions de l'article 6 du décret n° 2018-571 du 3 juillet 2018, ces dispositions entrent en vigueur à compter de la rentrée universitaire 2020-2021 pour : 1° Les étudiants en médecine affectés dans une spécialité après classement par les épreuves classantes nationales de 2017 ; 2° Les étudiants en pharmacie affectés dans une spécialité commune à la médecine et à la pharmacie après réussite au concours de l'internat de 2017 ; 3° Les internes des hôpitaux des armées affectés dans une spécialité après classement par les épreuves classantes nationales de 2017 ; 4° Les assistants des hôpitaux des armées après réussite au concours de 2017 de l'assistanat des hôpitaux des armées. Les étudiants inscrits pour la première fois en troisième cycle des études de médecine, avant l'année universitaire 2017-2018, et les étudiants en pharmacie inscrits pour la première fois dans une spécialité commune à la médecine et à la pharmacie, au plus tard avant l'année universitaire 2017-2018, demeurent régis par les dispositions des articles R. 6153-2 à R. 6153-40 du code de la santé publique dans leur rédaction antérieure audit décret.

Le docteur junior atteint de tuberculose, de maladie mentale, d'affection cancéreuse, de déficit immunitaire grave et acquis ou de poliomyélite et empêché d'exercer ses fonctions a droit, après avis du comité médical mentionné à l'article R. 6152-36, à un congé de longue durée pour une durée maximale de vingt-quatre mois par affection par périodes ne pouvant excéder six mois. Dans cette situation, il perçoit la totalité des émoluments mentionnés au 1° de l'article R. 6153-1-7 ainsi que la prime d'autonomie supervisée et, le cas échéant, des indemnités représentatives des avantages de logement, de chauffage, d'éclairage et de nourriture. Si, à l'issue de ce congé, il ne peut reprendre ses activités, il lui est accordé sur sa demande un congé sans rémunération lié à l'état de santé, d'une durée maximale de dix-huit mois. A l'expiration des droits à congé de longue durée ou d'un congé sans rémunération lié à l'état de santé, le comité médical se prononce sur l'aptitude de l'intéressé à ses fonctions.