Conformément aux dispositions de l'article 6 du décret n° 2018-571 du 3 juillet 2018, ces dispositions entrent en vigueur à compter de la rentrée universitaire 2020-2021 pour : 1° Les étudiants en médecine affectés dans une spécialité après classement par les épreuves classantes nationales de 2017 ; 2° Les étudiants en pharmacie affectés dans une spécialité commune à la médecine et à la pharmacie après réussite au concours de l'internat de 2017 ; 3° Les internes des hôpitaux des armées affectés dans une spécialité après classement par les épreuves classantes nationales de 2017 ; 4° Les assistants des hôpitaux des armées après réussite au concours de 2017 de l'assistanat des hôpitaux des armées. Les étudiants inscrits pour la première fois en troisième cycle des études de médecine, avant l'année universitaire 2017-2018, et les étudiants en pharmacie inscrits pour la première fois dans une spécialité commune à la médecine et à la pharmacie, au plus tard avant l'année universitaire 2017-2018, demeurent régis par les dispositions des articles R. 6153-2 à R. 6153-40 du code de la santé publique dans leur rédaction antérieure audit décret.

Le docteur junior atteint d'une affection dûment constatée figurant, à l'exception des pathologies mentionnées à l'article R. 6153-1-14, sur la liste établie en application de l'article 28 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation de médecins agréés, à l'organisation des comités médicaux et des commissions de réforme, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires, et qui rend nécessaires un traitement et des soins coûteux et prolongés le mettant dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions a droit à un congé de longue maladie d'une durée maximale de trente mois par périodes ne pouvant excéder six mois. L'intéressé perçoit la totalité des émoluments mentionnés au 1° de l'article R. 6153-1-7 ainsi que la prime d'autonomie supervisée et, le cas échéant, des indemnités représentatives des avantages de logement, de chauffage, d'éclairage et de nourriture pendant douze mois. Il perçoit la moitié de ces éléments de rémunération pendant les dix-huit mois suivants. Un congé sans rémunération lié à l'état de santé, d'une durée de douze mois au maximum, peut être accordé sur sa demande, après avis du comité médical mentionné à l'article R. 6152-36, au docteur junior qui ne peut, à l'expiration de ses droits à congé de longue maladie, reprendre ses activités pour raison de santé. A l'expiration des droits à congé de longue maladie ou d'un congé sans rémunération lié à l'état de santé, le comité médical se prononce sur l'aptitude de l'intéressé à ses fonctions.