Conformément aux dispositions de l'article 6 du décret n° 2018-571 du 3 juillet 2018, ces dispositions entrent en vigueur à compter de la rentrée universitaire 2020-2021 pour : 1° Les étudiants en médecine affectés dans une spécialité après classement par les épreuves classantes nationales de 2017 ; 2° Les étudiants en pharmacie affectés dans une spécialité commune à la médecine et à la pharmacie après réussite au concours de l'internat de 2017 ; 3° Les internes des hôpitaux des armées affectés dans une spécialité après classement par les épreuves classantes nationales de 2017 ; 4° Les assistants des hôpitaux des armées après réussite au concours de 2017 de l'assistanat des hôpitaux des armées. Les étudiants inscrits pour la première fois en troisième cycle des études de médecine, avant l'année universitaire 2017-2018, et les étudiants en pharmacie inscrits pour la première fois dans une spécialité commune à la médecine et à la pharmacie, au plus tard avant l'année universitaire 2017-2018, demeurent régis par les dispositions des articles R. 6153-2 à R. 6153-40 du code de la santé publique dans leur rédaction antérieure audit décret.

Le docteur junior bénéficie de congés de maladie sur présentation d'un certificat médical, dans la limite d'une durée de douze mois consécutifs pendant laquelle il perçoit, au cours des trois premiers mois de ce congé, la totalité des émoluments mentionnés au 1° de l'article R. 6153-1-7 ainsi que la prime d'autonomie supervisée et, le cas échéant, des indemnités représentatives des avantages de logement, de chauffage, d'éclairage et de nourriture. Il perçoit la moitié de ces éléments de rémunération pendant les neuf mois suivants. Un congé sans rémunération lié à l'état de santé, d'une durée de douze mois au maximum, peut être accordé au docteur junior sur sa demande, après avis du comité médical mentionné à l'article R. 6152-36, lorsque l'intéressé ne peut, à l'expiration de ses droits à congé de maladie, reprendre ses activités pour raison de santé. A l'expiration des droits aux congés de maladie ou d'un congé sans rémunération lié à l'état de santé, le comité médical se prononce sur l'aptitude de l'intéressé à ses fonctions.