Le décret n° 2016-1110 a été pris pour l’application de l’ordonnance n° 2016-1058 dont l’article 6 prévoit que « Les dispositions de la présente ordonnance s'appliquent : - aux projets relevant d'un examen au cas par cas pour lesquels la demande d'examen au cas par cas est déposée à compter du 1er janvier 2017 ; - aux projets faisant l'objet d'une évaluation environnementale systématique pour lesquels la première demande d'autorisation est déposée à compter du 16 mai 2017. Pour les projets pour lesquels l'autorité compétente est le maître d'ouvrage, ces dispositions s'appliquent aux projets dont l'enquête publique est ouverte à compter du premier jour du sixième mois suivant la publication de la présente ordonnance ; - aux plans et programmes pour lesquels l'arrêté d'ouverture et d'organisation de l'enquête publique ou l'avis sur la mise à disposition du public est publié après le premier jour du mois suivant la publication de la présente ordonnance. »

Par exception aux dispositions de l'article R. 423-59, lorsque le projet est soumis à évaluation environnementale et entre dans le champ d'application de l'article 4 du décret n° 2004-490 du 3 juin 2004 relatif aux procédures administratives et financières en matière d'archéologie préventive, le délai à l'issue duquel le préfet de région est réputé avoir renoncé à édicter une prescription de fouille ou demander la modification de la consistance du projet est de deux mois.